在西元1649年，由江戶幕府的第三代將軍德川家光所建，面積佔地約有30m²，這座建築，是淺草寺境內各堂當中最古老的建築之一。雖然曾經因為它位於本堂的北側，而有「北藥師」之稱，德川家光蒞臨淺草寺時，因看見藥師堂旁架設的小橋，於是取了「橋本藥師堂」(橋畔的藥師堂)的稱呼。此處安置了本尊藥師如來像，此外，藥師如來為解救眾生，為回應許下12個願望而現身的十二神將，以及制裁死者罪狀的十王也放置在此。