1945년 3월의 도쿄 대공습에 의해 국보였던 옛 본당(에도막부 3대 장군 도쿠가와 이에미쓰가 건립)도 완전히 소실되었으나, 그 후 1958년 10월에 전국의 신자들의 노력으로 재건되었다. 현재의 본당은 철근 콘크리트 구조이고, 지붕은 티탄제 기와가 사용되어 옛 본당의 모습을 재현하고 있다.
한눈에 알 수 있는 본당의 커다란 특징은 지붕의 경사가 급하고, 다른 사원의 건축물에 비해 무척 높다는 것이다. 때문에, 꽤 멀리서도 그 특징적인 모습을 확인할 수 있다.
또 바닥면적 약 1,150m2의 불당은 다다미가 깔려 있는 내진과 콘크리트 바닥의 외진으로 나뉘어 있는데, 내진 중앙에는 센소지의 본존인 성 관세음보살이 안치되어 있는 궁전이라고 불리는 감실(작은 불전)이 자리해 있다. 궁전 내에는 비공개 본존과 직접 보고 절을 올릴 수 있는 엔닌이 제작한 비불과 똑 같은 모양을 한 불상(매년 12월 13일에 공개됨) 외에도, 에도막부의 장군들이나 출가한 황족 등 지위가 높은 사람들이 생전에 몸에 지니고 있던 관음상도 안치되어 있으며, 궁전의 좌우에는 각각 불교의 수호신인 범천과 제석천이 안치되어 있다. 내진에는 오른쪽 안쪽으로 부동명왕이, 왼쪽 안쪽으로 애염명왕이 안치되어 본존을 보필하고 있다.
